Z4 - Bioinformatik Unterstützung für den SFB
In der 3ten Förderperiode werden wir den Gruppen im SFB weiterhin vielfältigen bioinformatischen Support anbieten. Dies umfasst die Beratung, Entwicklung und Ausführung von Omic Analysen, die auch kontinuierlich als Galaxy Workflows implementiert werden. Um die Nutzbarkeit zu garantieren und auf dem Stand der Zeit zu bleiben werden die Galaxy-Instanz selbst, sowie die entwickelten Workflows fortwährend gewartet, aktualisiert und angepasst. Der methodische Schwerpunkt der 3ten Förderperiode wird auf der Integration von multi-omics Daten mittels Netzwerkmethoden liegen.
Abbildung 1: Neuartiges Cluster-Verfahren zum Vergleich der Genexpressions-Zeitverläufe in verschiedenen Fettgeweben.
Abbildung 2: Epigenomischer Associationsstudie zu Gewichtsverlust konnte Gene identifizieren, deren Methylierungsrate signifikant mit hoch Respondern (blau) bzw niedrig Respondern (gelb) korrelieren.
Krieg L, Didt K, Karkossa I, Bernhart SH, Kehr S, Subramanian N, Lindhorst A, Schaudinn A, Tabei S, Keller M, Stumvoll M, Dietrich A, von Bergen M, Stadler PF, Laurencikiene J, Krüger M, Blüher M, Gericke M, Schubert K, Kovacs P, Chakaroun R, Massier L. Gut. 2021 Oct 1:gutjnl-2021-324603.
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Yaskolka Meir A, Keller M, Müller L, Bernhart SH, Tsaban G, Zelicha H, Rinott E, Kaplan A, Gepner Y, Shelef I, Schwarzfuchs D, Ceglarek U, Stadler P, Blüher M, Stumvoll M, Kovacs P, Shai I. Effects of lifestyle interventions on epigenetic signatures of liver fat: CENTRAL randomized controlled trial. Liver Int. 2021 May 3.
Meir A Y, Keller Maria, Bernhart S H, Rinott E, Tsaban G, Zelicha H, Kaplan A, Schwarzfuchs D, Shelef I, Gepner Y, Li J, Lin Y, Blüher M, Ceglarek U, Stumvoll M, Stadler P F, Stampfer M J, Kovacs P, Liang L, Shai I. Lifestyle weight‑loss intervention may attenuate methylation aging: the CENTRAL MRI randomized controlled trial. Clin Epigenetics. 2021 Mar 4;13(1):48.
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Keller M, Yaskolka Meir A, Bernhart SH, Gepner Y, Shelef I, Schwarzfuchs D, Tsaban G, Zelicha H, Hopp L, Müller L, Rohde K, Böttcher Y, Stadler PF, Stumvoll M, Blüher M, Kovacs P, Shai I. DNA methylation signature in blood mirrors successful weight-loss during lifestyle interventions: the CENTRAL trial. Genome Med. 2020 Nov 16;12(1):97.
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Holdt LM, Hoffmann S, Sass K, Langenberger D, Scholz M, Krohn K, Finstermeier K, Stahringer A, Wilfert W, Beutner F, Gielen S, Schuler G, Gäbel G, Bergert H, Bechmann I, Stadler PF, Thiery J, Teupser D. Alu elements in ANRIL non-coding RNA at chromosome 9p21 modulate atherogenic cell functions through trans-regulation of gene networks. PLoS Genet. 2013;9:e1003588.
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