GALAXY-Seminar 

Galaxy ist eine webbasierte Analyseplattform, die darauf abzielt, die PC-Analysen für Forscher zugänglich zu machen, die keinen Programmierhintergrund besitzen.

Die Kerninhalte sind:

1. Zugänglichkeit

Benutzer können das Daten einfach hochladen, komplexe Arbeitsabläufe ausführen und Daten visualisieren

2. Reproduzierbarkeit

Galaxy setzt Informationen so um, dass jeder komplette Rechenanalyse verstehen und wiederholen kann.

3. Transparenz

Nutzer können ihre Analysen (Historien, Workflows, Visualisierungen) teilen oder veröffentlichen.

Während des Seminars lernen wir, wie man Galaxy nutzt, um unsere Rechenanalysen zu vereinfachen.

We will first learn the basic handling, i.e. get familiar with the GALAXY history, learn how to load data, (e.g directly from the UCSC Table Browser), how to use different tools and how to visualize our data within GALAXY.

Es werden  grundlegenden Kenntnisse vermittelt, z. B. Daten laden (z.B. direkt aus dem UCSC-Tabellenbrowser), Verwendung verschiedener Werkzeuge  und wie man Daten innerhalb von GALAXY visualisieren kann.

Darüber besteht mit dem Tool die Möglichkeit Daten, Geschichten und Arbeitsabläufe mit anderen CRC-Mitgliedern austauschen.

Veranstaltung findet am 16.05.2018  und am 17.05. 2018 von 9.30 - 17.30Uhrim Raum109in der Härtelstraße 16-18 statt.

Ein Laptop mit Internetzugang  sowie eduroam-Zugang ist erforderlich. Bitte geben Sie dies bitte bei der Registrierung an. Beides kann bereitgestellt werden.

Wenn Sie Daten haben, die Sie im Seminar gern auswerten und analysieren möchten, oder spezielle Wünsche (z.B. RNA-seq, Variant Calling, ChIP-Seq oder auch Metagenomics) haben, können Sie sich gerne an Stephanie Kehr steffi@bioinf.uni-leipzig.de   wenden. 

Stephanie Kehr

Programmablauf

Workshopinhalte
Der zweitägige Workshop Scientific Writing and Publishing befasst sich mit den Grundlagen des wissenschaftlichen Schreibens und Verlagswesens. Das Schreiben eines erfolgreichen Papers erfordert grundlegendes Schreibkompetenz, ausgeprägtes Forschungswissen, Kreativität, Organisationstalent, Geduld und Vertrauen. Dieser Kurs vermittelt den Doktoranden die Hintergründe und Fertigkeiten, die notwendig sind, um ein klares, prägnantes und effektives wissenschaftliches Manuskript zu entwickeln und einzureichen. Die jungen Wissenschaftler lernen, wie man ein wissenschaftliches Papier schreibt, das beginnt zu Ende zu gehen und wie man mit dem Verlagsprozessen umgeht. Die Teilnehmer benötigen einen Laptop-Computer. Verschiedenste Beispiele werden zur Verfügung gestellt.

11:00 – 11:15 am (15 min) break

11:15 – 12:45 Uhr (90 min)
BE PREPARED – Nuts and Bolts of Writing a Scientific Manuscript
Planing a paper: Key idea, Motivation, Collecting material, Scientific criteria, Timing
Exercise: Creating a mind map

PUTTING THINGS TOGETHER – Components of a Scientific Manuscript
Title, Abstract, Key Words, Introduction, Methods, Results, Discussion and Conclusions,
References (Citation) / IMRaD
Exercise: Creating an outline

12:45 – 1:30 Uhr (45 min) lunch break

1:30 – 3:00 Uhr (90 min)
TAKE THE LEAD – Powerful Titles and Compelling Abstracts
Key elements, What makes good title and abstract, Things to avoid, Tips for writing titles and
abstracts

PROS and CONS – Discussion of sample abstracts
3:00 – 3:15 Uhr (15 min) break

3:15 – 5:00 Uhr (90 min + 15 min)
WRITING STEPS
Exercise: Writing an abstract

DISCUSSION AND REVIEW

Tag 2
9:30 – 11:00 Uhr (90 min)
SUBMISSION PROCESS
Choosing a journal, Requirement and time frame of a submission, Submitting your paper

11:00 – 11:15 Uhr (15 min) break

11:15 – 1:00 Uhr (90 min + 15 min)
DEALING WITH REVIEWS
Editorial processes, Peer review, Getting accepted
Exercise: Reviewing a paper

CLOSING COMMENTS AND REVIEW

Mondag, 8. und Dienstag der 9. OKtober 2018, MPI-EVA, Leipzig
Der Anstoß zur Geschlechtergleichstellung ist eine der größten sozialen Bewegungen, die heute stattfindet. In den letzten Jahren haben wir erlebt, wie sich dieses Thema wie ein Lauffeuer in allen Bereichen des öffentlichen Lebens, von der Politik bis zur Unterhaltungsindustrie ausbreitet hat. Die wissenschaftliche Welt ist ein zentraler Bestandteil dieser Debatte. Wir wollen eine offene Diskussion über diese Bewegung und ihre Auswirkungen auf die wissenschaftliche und akademische Gemeinschaft in unser Institut anregen.

Poster

Programmablauf

Schedule CRC 1052 Autumn School November 05–07, 2018 in Neudietendorf